伯尔尼大学创建历史可以追溯到十六世纪早期建立的神学院，当时建校的目的是为宗教改革培养清教徒牧师。学校在建校时拥有3位教授，到十七世纪末拥有6位教授。到十八世纪学校在人文和神学领域一直处于统治地位。在启蒙运动开始之初，建立起了法学和数学教育。1805年伯尔尼政府改革整个高等教育体系，学校从原先的神学院扩展为拥有四个系的大学院，至此学校不仅培养牧师同时为社会输送律师和医师(包括内科学和兽医学)，其中哲学系(包括人文和自然科学)为其他三个系提供基础教育。
伯尔尼大学下辖神学院，法学院，经济与社会科学学院，医学院，Vetsuisse动物学院，人文学院，人类科学学院，科学学院等八个学院。
伯尔尼大学提供本科、硕士和博士层次的高等教育，该校开设的专业丰富多彩，比如神学，工商管理学，法律，政治科学，社会学，医学，艺术史，戏剧，考古学，东方文化研究，哲学，牙科学，宗教研究，地理学，物理学，生物学，化学与分子科学，统计学，体育等等。
本科专业
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院系
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